An Musikhandschriften verwahrt die Staatliche Bibliothek insgesamt 34 Bände. Allerdings handelt es sich hierbei überwiegend um – oft recht umfangreiche – Sammelhandschriften, weshalb die Zahl der Werke ein Vielfaches beträgt. Herausragende Stücke sind neben dem Opern-Autograph der Wilhelmine von Bayreuth ("Argenore", VIg 44) mehrere großformatige Chorbücher aus der 2. Hälfte des 16. Jahrhunderts (VIg 12, VIg 14-18, VIg 20, VIg 23, VIg 28, VIg 32). Hinzu kommen  noch einige recht bedeutende italienische Opern- und Kantaten-Manuskripte des 17. Jahrhunderts.

Die wissenschaftliche Verzeichnung der Stücke erfolgt gegenwärtig im Rahmen des Répertoire International des Sources Musicales (RISM) - Arbeitsgruppe Deutschland e.V. in der Bayerischen Staatsbibliothek München.